É um exame que envolve as tecnologias de endoscopia e ecografia. Consiste em uma endoscopia associada a uma ecografia que é realizada por dentro do seu aparelho digestivo. Além da visualização endoscópica habitual (interior do esôfago, estômago e duodeno), permite avaliação das estruturas ao redor destes órgãos, como o mediastino, câmaras cardíacas, vasos, linfonodos, pâncreas, fígado e vesícula biliar. Também se consegue ver mais detalhadamente as camadas do órgão examinado (os órgãos do trato intestinal em geral são compostos por várias camadas como mucosa, submucosa, muscular própria e serosa). Além da visualização, a ecoendoscopia permite a realização de biópsias e também de procedimento terapêuticos, como a drenagem de cistos e acesso a via biliar e pancreática. Para a realização da ecoendoscopia há necessidade de jejum de no mínimo oito horas, assim como na endoscopia digestiva alta. As complicações relacionadas à ecoendoscopia podem decorrer da sedação, do exame propriamente dito ou de procedimentos complementares realizados.